目前有多家船公司載送旅客前往澎湖，
如滿天星航運、凱旋船運、太吉之星(海有船運)、百麗航運

而其中滿天星航運、凱旋船運、太吉之星(海有船運)這三間船公司目前打造聯合營運模式
每天的船班統一由聯合營運中心決定，基本上無法指定船隻；百麗航運目前有雲豹輪以及藍鵲輪

各家船公司都有從 嘉義布袋港 往返 澎湖馬公港 或是到 澎湖龍門港 的航線

通常布袋港到馬公港的船程約80-90分鐘，而雲豹及藍鵲更可將船程壓縮在60分鐘左右
至於布袋港到龍門港的船程相對來說就少大約20分鐘-30分鐘左右
不過因為龍門港的位置距離馬公市區比較遠，
基本上在龍門港下船的班次都會由船公司搭配的遊覽車再接駁至馬公市區